Hiện nay, ở hầu hết các vùng nông thôn trên địa bàn huyện Tuần Giáo, rác thải sinh hoạt không được thu gom; rác thải chăn nuôi từ gia súc, gia cầm không được xử lý cộng với việc người dân lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật… đang là những thực trạng đáng báo động về môi trường nông thôn hiện nay trên địa bàn huyện.